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Focus

Tutoriel REDCap

Germain Paimparay (gestionnaire de données / Bioinformaticien) vous présente les principales fonctionnalités de REDCap au travers d'un tutoriel sous forme de vidéo.
Son opinion est que "ce logiciel de capture de données / gestionnaire de formulaire (eCRF) est très fonctionnel et didactique".
Il est possible de créer des formulaires, contrôler les données, Importer / Exporter les données, implémenter des tests de cohérence ... Il existe aussi une API pour communiquer avec l'ensemble de votre SI.
Cette vidéo a été faite avec la version 5.4, depuis la v 6 le module d'export et "repport" ont beaucoup évolués. Il est également possible de créer des "plugins" et ajouter des fonctionnalités à la version de base.
Plus d'informations: http://www.project-redcap.org/

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TALEND : Formation 1

Auteur: Germain Paimparay, Administrateur de base de données CeNGEPS au CHU de Caen et Rouen

Préambule :

Les solutions Open Source de Talend visent à couvrir tous les besoins d'intégration de données, et pour des organisations de toutes tailles, concernant notamment:

  • Intégration de données opérationnelles
  • Migration de données
  • Synchronisation de données 
  • ETL (Extract-Transform-Load) pour le Décisionnel et le Data Warehousing

 Cette formation est composée de 3 parties :

  1. Sa présentation avec une présentation générale de talend
  2. Des tutoriaux vous expliquant pas à pas comment utiliser les composants les plus utilisés.
  3. Des exercices pour appliquer ce que vous avez appris dans les tutoriaux

Grâce aux tutoriaux de cette formation vous allez :

  • Maîtriser l’outil de « design » des Jobs (TOS)
  • Acquérir les connaissances nécessaires pour utiliser les composants les plus  utiles.
  • Pouvoir créer des jobs avancés

Grâce aux exercices de cette formation vous allez :

  • Mettre à profit les connaissances acquises lors des tutoriaux
  • Réfléchir à la mise en place de solutions ETL

Note : Les solutions des tutos et exo sont disponibles dans l’archive : tuto_exo_Formation1.zip. Pour y accéder, il suffit d’importer l’archive en tant que projet.

ACCES AUX TUTORIELS COMPLETS

DRCI et Data Management

La circulaire N° DGOS/PF4/2011/239 du 29 juillet 2011 relative à l’organisation et au renforcement des structures de recherche clinique a tout particulièrement attiré notre attention. On y mentionne en effet de manière distincte notre activité dans les missions des Délégations à la recherche clinique et à l’innovation (DRCI):
".../...l’aide méthodologique, la gestion des données ; et la biostatistique (aide rédactionnelle, conception des essais cliniques, management des bases de données).../..." déclinée en ".../...d'assurer la bonne organisation du data management de la recherche clinique (documentation et qualité de la base de donnée clinique dans laquelle sont reportées les informations recueillies au cours des essais cliniques).../..."

Nous avons recherché "data management" dans les archives des circulaires, décrets et autres textes de loi concernant la recherche clinique et nous n'avons rien trouvé. Serait-ce l'une des premières fois qu'il apparaît?

Automatisation partielle des critères Recist V1.1 pour des patients ayant des cibles mesurables avec ou sans cibles non mesurables

Comme nous l'avions évoqué lors de notre réunion de mai à Marseille, Yann CHATEAU, data manager du CAL, publie sur le site le mode opératoire qui décrit la manière de réaliser une automatisation partielle des critères Recist V1.1 sous Capture System V5.5.41.403 pour des patients ayant des cibles mesurables avec ou sans cibles non mesurables.

Automatisation partielle des critères Recist V1.1 pour des patients ayant des cibles mesurables avec ou sans cibles non mesurables

N'hésitez pas à commenter ce document et à en discuter sur le forum.

 

Les participants aux rencontres de Rennes 2017

Les rencontres de Rennes 2017